Действие фильма «Идти тихо, идти глубоко» разворачивается на фоне Второй мировой войны и событий, связанных с Гавайскими островами. После трагического нападения на Перл-Харбор, флот США продолжает терпеть потери. В результате очередного столкновения японский эсминец уничтожает американскую подводную лодку, и капитан Ричардсон, чудом выживший в этом инциденте, оказывается на берегу.
Адмирал принимает решение вновь назначить Ричардсона капитаном подводной лодки «Нерка». Однако его приход не вызывает радости у команды, которая уже выбрала своим лидером Джима Бледсо. Это создает напряженную атмосферу на борту, где начинается психологическая борьба между новоиспеченным капитаном и преданными матросами.
Ричардсон, обладая опытом и решимостью, стремится завоевать доверие команды и доказать свою компетентность. Тем временем, матросы, недовольные новым руководством, начинают открыто высказывать свое недовольство, что приводит к конфликтам и недопониманиям. Ситуация усугубляется тем, что на фоне войны каждый день может стать последним, и команда должна научиться работать вместе, чтобы выжить в условиях постоянной опасности.
Фильм затрагивает темы лидерства, мужества и командной работы, показывая, как личные амбиции и преданность делу могут столкнуться в условиях экстремального стресса. В конечном итоге, важно не только преодолеть внешние угрозы, но и найти общий язык внутри команды, чтобы справиться с вызовами войны.