Четырнадцатилетняя Мадока Канамэ жила обычной жизнью в семье, где мама была занята карьерой, папа занимался домашними делами, а маленький братик добавлял в их дни веселые моменты. Однако всё изменилось после странного сна, в котором она увидела темноволосую девочку, сражающуюся с темными силами в необычном мире. Утром, вернувшись в школу, Мадока встретила эту загадочную девушку по имени Хомура Акэми, которая предостерегла её от вмешательства в дела, которые её не касаются.
Тем не менее, как может обычная японская школьница остаться в стороне, когда она становится свидетелем ужасного события, в котором жестоко убивают милого зверька? Мадока ощущала, что мир вокруг неё начинает рушиться, и каждый день приносит новые испытания. Глядя на страдания и боль, она не могла просто наблюдать, как происходят ужасные вещи. Внутренний голос справедливости и доброты звал её к действию.
С каждым новым событием Мадока всё больше осознаёт, что её жизнь уже никогда не будет прежней. Она оказывается втянутой в сложные и опасные ситуации, которые требуют от неё смелости и решимости. Девочка начинает понимать, что за её выбором стоит не только личная безопасность, но и судьба многих других, кто также может пострадать от тёмных сил. В этом новом, полном опасностей мире ей предстоит сделать выбор, который изменит не только её жизнь, но и жизни окружающих.