В фильме "Призраки Гойи" рассказывается о драматических событиях, связанных с судьбами трех главных героев. Инесс, муза известного художника Франциско Гойи, оказывается в заточении, когда инквизиция решает расправиться с ней. В отчаянии Гойя обращается за помощью к своему другу, священнику Лоренцо. Их дружба подвергается серьезному испытанию, так как Лоренцо оказывается между долгом перед церковью и желанием спасти Инесс.
Гойя, страдая от безысходности, пытается использовать свои художественные способности, чтобы привлечь внимание к ужасам инквизиции и несправедливости, происходящей вокруг. Он понимает, что его творчество может стать оружием против угнетения, однако каждый его шаг сопряжен с опасностью.
Лоренцо, в свою очередь, начинает осознавать, что его служение церкви не всегда совпадает с моральными принципами. Он сталкивается с внутренними конфликтами, которые заставляют его переосмыслить свои взгляды на веру и справедливость. Обострение отношений между Гойей, Инесс и Лоренцо приводит к непредсказуемым последствиям, которые меняют их жизни навсегда.
Фильм затрагивает темы любви, преданности и борьбы за правду в условиях жестоких репрессий. Каждый из героев вынужден делать выбор, который определяет не только их судьбы, но и судьбы тех, кто вокруг них. В конечном итоге, история становится отражением человеческой стойкости перед лицом зла и несправедливости.