Действие фильма разворачивается в 2036 году, спустя два десятилетия после катастрофы на ядерном объекте, которая привела к радиоактивному загрязнению центральной части Японии. Это событие превратило Токио в безлюдную и опасную зону. В результате генной инженерии появились люди, обладающие уникальной способностью не поддаваться воздействию радиации с момента рождения. Эти особенные индивиды составляют новый отряд специального назначения, получивший название «Коппелион».
В состав отряда входят три школьницы, которые отправляются в заброшенный город, чтобы провести поиски выживших и выяснить причины, приведшие к катастрофе, произошедшей два десятилетия назад. Их задача состоит не только в том, чтобы найти оставшихся в живых, но и в том, чтобы понять, что именно стало катализатором столь разрушительных событий.
Во время своего путешествия по мертвому Токио, наполненному опасностями и загадками, девочки сталкиваются с различными трудностями и испытаниями. Они исследуют разрушенные здания, сталкиваются с последствиями аварии и пытаются восстановить события, которые привели к этой трагедии. Каждая из них по-своему воспринимает происходящее и осознает, что их миссия имеет не только научное, но и гуманитарное значение.
С течением времени школьницы начинают понимать, что их задача гораздо сложнее, чем просто поиск выживших. Они сталкиваются с моральными дилеммами и осознают, что их действия могут повлиять на будущее человечества. В этом опасном и таинственном мире они учатся не только выживать, но и находить надежду там, где, казалось бы, ее нет.