Временной промежуток между оригинальным фильмом и его продолжением охватывает историю организации «Flynn Lives». Эта группа, созданная поклонниками и сторонниками культового персонажа Кевина Флинна, стремится вернуть справедливость в виртуальный мир и разоблачить коррупцию, царящую в корпорации ENCOM. Однако их действия воспринимаются официальными властями как угроза, что приводит к их объявлению террористами.
Организация активно использует технологии и информацию, чтобы бороться с системой, которая, по их мнению, предала идеалы Флинна. Они организуют акции протеста и информационные кампании, пытаясь привлечь внимание общественности к нарушениям прав и свобод, происходящим в мире технологий. Несмотря на их благие намерения, действия «Flynn Lives» вызывают негативную реакцию со стороны правительства и крупных корпораций, которые предпочли бы замять эту проблему.
Тем временем, в виртуальном пространстве продолжается борьба за контроль над миром, где существуют программы и существа, обладающие сознанием. Конфликт между сторонниками Флинна и властями обостряется, что приводит к новым столкновениям и последствиям как для реального мира, так и для цифрового. Члены организации, полные решимости и преданности, понимают, что им предстоит не только сражаться за идеалы, но и сталкиваться с опасностями, которые могут угрожать их жизни и будущему всего виртуального мира.
Эта история показывает, как технологии могут влиять на общество и как борьба за свободу может принимать разные формы.