На протяжении многих лет жители радиационно поражённого острова в Тихом океане почитали гигантскую бабочку Мотру и её огромное яйцо, из которого должна была появиться новая Мотра. Однако однажды на остров обрушился тайфун, который унес яйцо в море, и оно оказалось на берегах Японии, где его обнаружила группа рыбаков. Мотра, вместе с двумя феями-хранительницами, обратилась к людям с просьбой вернуть яйцо, но её просьба была отклонена: находка привлекла внимание крупной корпорации, которая намеревалась сделать из яйца туристическую достопримечательность.
Тем временем, Япония вновь столкнулась с угрозой в лице Годзиллы, который начал терроризировать страну. В условиях нарастающей опасности, люди осознали свою ошибку, отказавшись помочь Мотре, и обратились к ней за защитой. Они поняли, что лишь Мотра может спасти их от разрушительного гнева Годзиллы.
В результате, между двумя гигантскими существами разразилась битва, в которой Мотра сражалась за свою территорию и за право защитить людей, которые когда-то отвергли её. Это противостояние стало не только борьбой за выживание, но и уроком для человечества о важности уважения к природе и её силам. В конечном итоге, жители осознали, что только объединившись с Мотрой, они могут противостоять угрозе, исходящей от Годзиллы, и восстановить гармонию на своей земле.
