Аниме «Код Люгера 1951» переносит зрителей в альтернативный мир после Второй мировой войны, где семнадцатилетний Теста Лиелбелль проявляет свои выдающиеся способности, став профессором в университете. Несмотря на свой юный возраст, его гениальный ум привлекает внимание старшего друга Алекса Росса, с которым Теста вместе учился в школе-интернате. Алекс обращается к нему с просьбой о помощи: ему необходимо разгадать сложный шифр, разработанный оборотнями, которые используют его для ведения секретных переговоров и причинения вреда людям.
Теста соглашается помочь Союзному департаменту криптоанализа, однако вскоре сталкивается с проблемой — разоблачить шифр оказывается крайне сложно, так как оборотни общаются друг с другом с помощью волчьего воя. Несмотря на все усилия, юный гений не может найти подходящий способ для расшифровки.
Понимая, что традиционные методы не работают, Лиелбелль приходит к выводу, что единственным решением может стать захват одного из оборотней. Он надеется, что, получив его в плен, сможет заставить его раскрыть ключевые данные о шифре. Это решение открывает перед ним новые вызовы и опасности, а также ставит под сомнение моральные аспекты его действий. Теста оказывается в центре противостояния, где ему предстоит не только разгадывать шифры, но и принимать трудные решения, которые могут повлиять на судьбы многих людей.