34-летний Сусуму Накоси когда-то занимал должность в страховой компании, но теперь его жизнь кардинально изменилась: он стал бездомным, ночует в автомобиле и страдает от амнезии, а также неспособности испытывать настоящие эмоции. Его существование приобретает новый поворот, когда студент-медик Манабу Ито предлагает ему стать участником эксперимента, который подразумевает проведение операции на черепе.
Сусуму решает согласиться на это предложение, надеясь, что эксперимент поможет ему разобраться в себе и, возможно, вернуть утраченное. После проведения операции происходит нечто неожиданное: он начинает видеть странные существа, называемые гомункулами, когда закрывает правый глаз. Эти видения открывают перед ним новые горизонты, а также заставляют его задуматься о том, что происходит с его психикой и реальностью.
Постепенно Сусуму начинает осознавать, что его жизнь и восприятие мира меняются. Гомункулы становятся символом его внутреннего состояния и отражают его борьбу с собственными демонами. Взаимодействие с этими существами помогает ему понять, что он не одинок в своей борьбе и что его существование имеет смысл, даже если оно полное страданий и потерь. Этот опыт становится для него не только испытанием, но и возможностью для самопознания и, возможно, для восстановления утраченных чувств.
