В пяти странах продолжается борьба за власть, и в это время в мире ниндзя происходит новая угроза. Синоби с Кровным даром начинают таинственно исчезать из деревень Травы, Камня, Облака и Песка, в то время как деревня Листвы остается в стороне, что вызывает подозрения у остальных наций. Разведка Конохи вскоре устанавливает, что исчезнувшие ниндзя могут быть связаны с загадочной горой Сумисэн. Однако попытка добыть информацию оказывается неудачной, и над деревней Листвы появляется гигантская фигура, предвещающая начало новой Великой войны ниндзя.
Соседние деревни, игнорируя доводы разума, начинают стягивать свои войска, а князь Страны Огня требует от Цунадэ срочно раскрыть истинные причины происходящего или готовиться к катастрофе. В условиях нарастающего кризиса Хатакэ Какаси принимает трудное решение пожертвовать собой ради спасения своей деревни. Лучшие стратеги Листвы и Песка, хоть и с тяжелым сердцем, поддерживают его выбор, понимая, что другого выхода нет.
Тем не менее, один из учеников Какаси, парень в оранжевом, не согласен с идеей «меньшего зла». Он верит, что можно найти иной путь, и что именно сердце и решимость могут изменить ход событий. В мире Наруто победа чаще всего достается тем, кто следует своим убеждениям и не боится действовать в соответствии со своими принципами. Эта история о дружбе, жертве и истинной силе веры в себя и своих товарищей, когда на кону стоит будущее всей деревни.
