В 9784 году по летоисчислению Содружества Систем ницшеанцы восстали против власти Содружества, стремясь обрести независимость и установить собственный порядок. Это привело к войне, способной изменить судьбу всей галактики. Чтобы не допустить победы противника, на помощь был направлен крейсер Звёздной Гвардии Содружества «Созвездие Андромеды» под командованием капитана Дилана Ханта.
Однако мощный корабль оказался в ловушке ницшеанского флота. Не имея шансов на спасение, капитан отдал приказ экипажу покинуть судно. Сам «Андромеда» вместе с Хантом стал жертвой временной аномалии на границе черной дыры в системе Гефеста. Вскоре после этого Содружество Систем потерпело поражение, но Ницшеанская Империя так и не была основана. Вселенная погрузилась в тьму и хаос, известный как «Долгая Ночь».
Прошло 303 года, прежде чем корабль «Эврика Мару» под командованием Беки Валентайн смог извлечь когда-то могущественное судно Содружества из орбиты черной дыры. Для всех жителей галактики эти три столетия стали долгими, в то время как для Дилана Ханта прошло лишь мгновение. Объединившись с экипажем «Эврики Мару», капитан Хант взял на себя задачу по восстановлению Содружества Систем, осознавая, что этот путь будет полон трудностей и испытаний.
