Действие фильма разворачивается в XIX веке и рассказывает о жизни Мэри Леннокс, девочки, которая потеряла родителей в Индии из-за чумы. После этой трагедии её забирает к себе дядя Арчибальд, и Мэри переезжает в его мрачный особняк в Великобритании. Жизнь в новом доме оказывается для неё довольно сложной и одинокой. Вокруг особняка находится загадочный сад, о котором ходят слухи. Ночью из него доносятся странные звуки, что только подогревает интерес Мэри.
Дядя Арчибальд, хоть и проявляет доброту, кажется погружённым в свои мысли и страдания. Его загадочное поведение наводит девочку на размышления о том, что скрывается за стенами саду и в душе её дяди. Вскоре Мэри встречает Дикона, сына садовника. Этот дружелюбный мальчик становится её спутником в поисках разгадки тайны таинственного сада.
Вместе они начинают исследовать заброшенное место, полное дикой растительности и забытых воспоминаний. Находя старые растения и ухаживая за ними, дети постепенно открывают не только секреты сада, но и учатся справляться со своими собственными печалями. Мэри и Дикон становятся настоящими друзьями, и их совместные приключения помогают им понять, как важно заботиться о других и о себе. В процессе они также стремятся помочь дяде Арчибальду справиться с его горем, что в итоге приводит к исцелению всех троих.
