В этом фильме черепашки-ниндзя вновь сталкиваются с угрозой, исходящей от клана Футов и их коварного лидера Шредера. На этот раз их противники намерены использовать мутагены, чтобы создать ужасных мутантов, которые могут навести страх на жителей Нью-Йорка. Основные герои, Леонардо, Донателло, Микеланджело и Рафаэль, должны объединить усилия, чтобы предотвратить катастрофу.
На помощь черепашкам приходят их верные друзья: Эйприл О'Нил, которая всегда готова поддержать их в трудные времена, профессор Джордан Пери, обладающий знаниями о мутагенных веществах, и Кено, энергичный разносчик пиццы. Вместе они разрабатывают план, чтобы остановить распространение этого опасного зелья и одолеть Шредера.
В процессе борьбы с врагами черепашки сталкиваются с новыми вызовами и неожиданными поворотами. Им предстоит сразиться с могучими мутантами Токкой и Разаром, которые были созданы из мутагена и представляют собой серьезную угрозу. Четверка героев использует свои уникальные навыки и командную работу, чтобы справиться с этими противниками.
Фильм наполнен динамичными экшен-сценами, юмором и дружеской атмосферой. Черепашки-ниндзя демонстрируют, как важно работать вместе, поддерживать друг друга и проявлять смелость перед лицом опасности. В конце концов, они не только спасают город, но и укрепляют свои дружеские узы, показывая, что вместе они способны на многое.