Эйприл решила порадовать Сплинтера и своих друзей черепашек, купив на распродаже старинный японский скипетр, а также несколько других подарков. Однако вскоре выясняется, что этот скипетр не просто антиквариат — он является прообразом машины времени. Для того чтобы скипетр заработал, необходимо, чтобы вес всех путешественников был одинаковым с обеих сторон.
Неожиданно Эйприл оказывается перенесенной в феодальную Японию, в 1603 год. Черепашки, узнав о ее исчезновении, решают следовать за ней. Однако вместо того, чтобы приземлиться в храме, где, по идее, находился скипетр, они оказываются прямо в центре сражения. В этой суматохе Микеланджело теряет скипетр, и теперь черепашкам предстоит не только спасти Эйприл, но и вернуть потерянный артефакт.
Тем временем в их родном времени тоже не все спокойно. Друзья понимают, что на них лежит ответственность не только за спасение Эйприл, но и за то, чтобы вернуть скипетр, который может иметь серьезные последствия для временной линии. Ситуация накаляется, и черепашкам предстоит проявить смекалку и храбрость, чтобы справиться с неожиданными трудностями, которые возникают на их пути. Их приключения в Японии полны опасностей, но они готовы сражаться за своих друзей и за восстановление справедливости.