В XXI веке мир столкнулся с катастрофой: свирепый вирус стер с лица земли большую часть населения, оставив лишь небольшую группу выживших, которые нашли убежище в единственном защищённом городе, окружённом куполом. В этом изолированном пространстве разворачиваются события, связанные с загадочной фигурой — агентом Эон Флакс.
Эон — женщина с непростой судьбой и непредсказуемыми намерениями. Её действия окутаны тайной, и трудно понять, что движет ею. Она получает задание устранить высокопоставленного политического деятеля, который играет ключевую роль в жизни оставшихся в живых. Однако, чем дальше она углубляется в свою миссию, тем больше выясняется о сложных отношениях между властью и выжившими.
В этом мире, где доверие стало дефицитом, Эон сталкивается с противоречиями и интригами, которые ставят под сомнение её собственные убеждения и цели. Каждое её действие имеет последствия, и в процессе выполнения задания она открывает для себя не только правду о своём враге, но и о самом себе. Взаимодействуя с различными персонажами, Эон начинает осознавать, что мир, в котором она живёт, не так прост, как кажется на первый взгляд.
Кульминацией её путешествия становится не только борьба за выживание, но и поиск смысла в хаосе, который окружает её. Эон Флакс становится символом надежды и сопротивления в мире, где каждый шаг может привести к непредсказуемым последствиям.