Действие картины разворачивается в XXVI веке, когда на Земле произошла катастрофа, в результате которой погибло 99% населения из-за смертоносного вируса. На планете остались лишь два государства: анархистская Моника и тоталитарная Бренна, находящаяся под контролем безжалостного ученого-диктатора Тревора Гудчайлда.
Главная героиня, Эон Флакс, является суперагентом из Моники и получает задание уничтожить Гудчайлда. Она представляет собой сильную и решительную личность, готовую на все ради выполнения своей миссии. Эон проникает в Бренну, где сталкивается с множеством трудностей и опасностей, но её решимость не ослабевает.
Параллельно с основным конфликтом, в фильме затрагиваются темы власти, контроля и человеческой природы. Эон постепенно начинает осознавать, что её цель не так проста, как казалось в начале. В процессе выполнения задания она открывает для себя скрытые тайны и сложные связи между государствами, а также между людьми, которые живут в этих условиях.
С каждым шагом Эон все больше погружается в мир интриг, предательства и борьбы за выживание. В конечном итоге, её личная история переплетается с судьбой всего человечества, что приводит к неожиданным последствиям. Фильм ставит вопросы о морали, свободе выбора и цене, которую приходится платить за идеалы.
