В первой половине XXI века из-за глобального потепления человечество столкнулось с катастрофическими последствиями: большая часть суши оказалась под водой, включая города и сельскохозяйственные угодья. На фоне этого кризиса в океане появился таинственный «Флот тумана», состоящий в основном из высокотехнологичных водных судов, которые превосходили все человеческие разработки. Эти новые силы проявили агрессию, и после масштабной войны у оставшихся в живых людей пропало желание исследовать морские просторы.
Спустя семнадцать лет после этих событий Гундзо Чихайи и его команда находят одну из подводных лодок «Флота тумана». Они решают дать ей новое имя — I-401. Важным дополнением к их миссии становится Йона, антропоморфная форма этой самой подлодки, которая становится их союзником. Вместе они решают бросить вызов всему «Флоту тумана», стремясь вернуть человечеству контроль над морями и восстановить утраченное.
Команда сталкивается с множеством испытаний, но благодаря своей смелости и изобретательности они начинают сражение за будущее. Это противостояние не только тестирует их способности, но и открывает новые горизонты для человечества в условиях, когда надежда кажется утерянной. Путешествие Гундзо и его друзей становится символом борьбы за выживание и восстановление утраченного мира.