В фильме «Шарлотта» рассказывается о подростках, которые в возрасте 12-16 лет начинают проявлять необычные паранормальные способности. Один из таких юношей — Ю Отосака. Несмотря на то что у него есть удивительные таланты, он ведет привычную жизнь школьника и не стремится афишировать свои способности. Однако его повседневная рутина меняется, когда он сталкивается с девушкой по имени Нао Томори.
Нао оказывается не просто обычной ученицей, а также обладающей особыми навыками. Она быстро распознает, что Ю не так прост, и начинает интересоваться его жизнью. Постепенно они сближаются, и Нао открывает Ю новые горизонты, показывая, что их способности могут быть как благословением, так и проклятием. Ю начинает осознавать, что его дар может не только помочь ему в учебе, но и повлиять на его отношения с окружающими.
Сюжет разворачивается вокруг их совместного путешествия, где они сталкиваются с различными трудностями и открытиями, связанными с их силами. В ходе событий Ю и Нао учатся принимать себя и свои способности, находя баланс между обычной жизнью и миром паранормального. Их дружба становится важной опорой в сложных ситуациях, а также помогает понять, что настоящая сила заключается не только в особых умениях, но и в поддержке близких.
Фильм затрагивает темы самопринятия, дружбы и ответственности, подчеркивая важность взаимодействия с окружающими и умения использовать свои способности во благо.