В фильме «Однорукий самурай» рассказывается о Ванг Конге, одноруком меченосце из Китая, который становится свидетелем трагического инцидента. Он спасает маленького мальчика, оказавшегося на пути самурайской процессии. Однако самураи, недовольные вмешательством, начинают расправляться с крестьянскими свидетелями и в результате несколько из них погибают. Чтобы устранить все следы своей жестокости, самураи начинают охоту на Ванга Конга.
Тем временем, знаменитый самурай Затоичи встречает мальчика, которого спас Ванг. Отец ребенка, ставший жертвой самураев, перед смертью просит Затоичи позаботиться о сыне. Приняв решение взять мальчика под свою опеку, Затоичи отправляется в путь, не подозревая, что вскоре столкнется с Вангом Конгом.
Между двумя героями возникает недоверие: Затоичи не уверен в намерениях Ванга, ведь на его голову назначена награда. Ситуация усугубляется, когда местный босс решает использовать это недопонимание в своих интересах, стремясь увеличить свое влияние в регионе. В результате оба воина, говорящие на разных языках и обладающие различными взглядами на жизнь, оказываются по разные стороны конфликта.
Финальная битва между ними становится вопросом выживания, и только один из них сможет выйти победителем из этого жестокого противостояния. Их судьбы переплетаются в драматической схватке, где на кону стоит не только жизнь, но и честь каждого из них.