В XXVI веке, спустя три столетия после Великой войны, доктор Идо находит обломки загадочной женщины-киборга в废品. После того как он восстанавливает её, киборг оказывается лишённой памяти и не знает своего прошлого. Однако вскоре она осознаёт, что обладает удивительными боевыми навыками, которые позволяют ей с лёгкостью справляться с любыми угрозами.
В процессе своего существования Алита, так она называет себя, начинает исследовать окружающий мир и, в частности, загадочную жизнь в мегаполисе. Её стремление разобраться в собственном происхождении и восстановить утраченную память приводит к множеству опасных приключений. По мере того как она погружается в этот мир, становится ясно, что её прошлое связано с тайными организациями и жестокими противниками, которые не остановятся ни перед чем, чтобы добиться своих целей.
Алита начинает осознавать, что её уникальные способности и сила могут помочь не только ей, но и окружающим. Она сталкивается с выбором: использовать свои навыки для борьбы со злом или искать мирное существование. В её путешествии ей встречаются как союзники, так и враги, и на каждом шагу возникают новые испытания. Алита не только стремится восстановить свои воспоминания, но и разобраться в том, кем она является на самом деле, и какую роль ей предстоит сыграть в этом мире, полном технологий и конфликтов.