После поражения Хана и создания планеты Генезис капитан Джеймс Т. Керк сталкивается с глубоким горем. Хотя его недавние достижения могут казаться триумфом, потеря Спока, который отдал жизнь ради спасения «Энтерпрайза», оставила в его сердце пустоту. Эта утрата стала для Керка непоправимой.
К тому же, Керк рискует потерять еще одного близкого друга — доктора Мак-Коя, который теряет рассудок. В этот сложный момент появляется Зарек, отец Спока, который приносит обнадеживающую новость: Спок жив, и его разум находится в теле Мак-Коя. Это открытие придаёт Керку новые силы, и он решает действовать.
В отчаянной попытке спасти своих друзей капитан угоняет свой старый корабль, который уже был предназначен на списание, и нарушает запрет Федерации на посещение планеты Генезис, где работает научная команда под руководством его сына Дэвида.
Однако вскоре о Генезисе узнают и клингоны. Под управлением командира Крюге их боевой корабль спешит к планете, что создает угрозу для всех участников этой сложной ситуации. Конфликт между ними кажется неизбежным. Керк и его команда должны преодолеть все преграды, чтобы вернуть Спока и спасти своих друзей, прежде чем станет слишком поздно.
