Кирк и его команда возвращаются на Землю с Вулкана на захваченном клингонском космическом корабле. Несмотря на то что Спок жив и здоровье его восстановлено, настроение команды оставляет желать лучшего. Они осознают, что их действия в последнее время были далеки от идеала: неподчинение приказам, угон «Энтерпрайза», который затем самоуничтожился, и саботаж «Эксцельсиора» — все это создает мрачные ожидания относительно встречи с Землей.
Однако реальность оказывается еще более тревожной: к планете приближается гигантский космический корабль, который излучает сигналы на давно вымершем языке китов. Этот загадочный объект влияет на климат, вызывая на Земле сильные ливни, ураганы и другие стихии. Анализ ситуации показывает, что единственным способом стабилизировать обстановку и предотвратить катастрофу является возвращение китов на Землю.
Кирк и его команда понимают, что только они могут совершить это чудо. Они решают отправиться в прошлое, чтобы найти китов и вернуть их в будущее, тем самым спася планету от надвигающейся угрозы. Это путешествие становится настоящим испытанием для команды, которая готова на все ради спасения своего дома. Их приключение начинается, и впереди их ждут неожиданные повороты и трудности, которые они должны преодолеть, чтобы выполнить свою миссию.