«Казус Кукоцкого» представляет собой глубокое исследование человеческих отношений и судьбы страны на фоне исторических событий середины и второй половины ХХ века. Время действия охватывает важные моменты, такие как уголовная ответственность за аборты, атака на генетику, явление «лысенковщины», аресты, лагеря, похороны Сталина, хрущевскую оттепель и бурные шестидесятые, включая жизнь столичной богемы и джазовую культуру.
Главный герой, Павел Алексеевич Кукоцкий, является потомственным хирургом и одним из ведущих гинекологов своего времени. Он разработал масштабную программу для борьбы с криминальными абортами и выступал за отмену жестокого постановления 1936 года, которое запрещало аборты. Эта тема по-прежнему вызывает споры в обществе: для одних это спасение для женщин, для других — убийство нерождённого. В глазах первых Кукоцкий является защитником, а для вторых — злодеем.
Фильм также затрагивает личные драмы, включая жизнь жены Кукоцкого, Елены, страдающей от потери памяти. В его истории переплетаются различные линии, такие как наследие из Буэнос-Айреса, взросление дочери, её сложные отношения с двумя близнецами-евреями, а также мрачные события, связанные с серийным маньяком. В дополнение к этому, присутствуют образы богемных джазменов и размышления о жизни после смерти, что придаёт произведению многослойность и глубину.