После завершения очередной мировой войны наука достигла поразительных высот, позволив людям продлевать свою жизнь с помощью кибернетических имплантов. Все жители планеты стали частью единой сети, известной как Призраки. В этом новом мире кибератаки на отдельных личностей стали обычным явлением, целью которых является кража памяти и физического тела.
Когда премьер-министр Японии был убит, майор Мотоко Кусанаги и её команда из Девятого отдела начинают расследование, направленное на выявление и задержание киберпреступников. В ходе расследования они сталкиваются с множеством сложных вопросов о природе человечности, сознания и идентичности. Кусанаги, обладая выдающимися навыками и уникальными кибернетическими улучшениями, погружается в мир преступности, где границы между реальным и виртуальным миром становятся все более размытыми.
Команда сталкивается с различными противниками, каждый из которых имеет свои мотивы и цели. В процессе расследования майор начинает осознавать, что её собственная идентичность и воспоминания могут быть под угрозой. Это приводит к глубоким размышлениям о том, что значит быть человеком в мире, где технологии могут изменить всё, включая саму суть жизни.
Фильм исследует темы кибернетики, самоидентификации и философии, заставляя зрителей задуматься о будущем, где технологии и человечность переплетаются. Мотоко Кусанаги становится символом борьбы за сохранение своей индивидуальности в условиях, когда киберпреступность угрожает не только телам, но и душам людей.