Действие разворачивается в 2029 году, когда кибернетические технологии достигли значительных высот, позволяя людям заменять свои конечности на механические протезы. Главная героиня, майор Мотоко Кусанаги, служит в 9-м отделе службы безопасности и активно занимается расследованием дела, связанного с загадочным хакером, известным под именем Кукловод.
Кусанаги — высококвалифицированный специалист, обладающий как человеческими, так и кибернетическими способностями. Она исследует серию кибератак, которые ставят под угрозу безопасность общества. Кукловод использует свои навыки для манипуляции людьми и системами, что создает множество проблем для властей. В ходе расследования майор сталкивается с вопросами о своей идентичности и природе сознания, учитывая, что сама она частично кибернетическая.
Взаимодействие с другими персонажами, включая своих коллег и противников, помогает ей глубже понять сложные отношения между человеком и машиной. Постепенно Кусанаги начинает осознавать, что ее собственное существование может быть связано с Кукловодом больше, чем она предполагала. Эта ситуация ставит перед ней моральные и философские дилеммы, касающиеся свободы воли и технологий.
Фильм затрагивает важные темы, такие как влияние технологий на общество, вопросы идентичности и грани между человеком и машиной. По мере развития сюжета Кусанаги понимает, что её поиски правды могут привести к неожиданным и серьезным последствиям.
