После освобождения от своих обязанностей в подразделении 501, Мотоко Кусанаги сталкивается с новыми вызовами, так как теперь ей предстоит подчиняться указаниям Арамаки. В это время происходит серьезный инцидент — кто-то взламывает системы безопасности государственного ведомства. В ответ на эту угрозу, Бато решает привлечь к расследованию своих бывших коллег: Исикаву, который ранее служил в военной разведке, и Борму, специалиста по воздушной артиллерии.
Кусанаги, стремясь усилить свою команду, обращается за поддержкой к снайперу Сайто и тайному агенту полиции Пазу, которые также входят в новый отряд 9-го отдела госбезопасности. Вскоре между двумя группами начинает возникать напряжение и соперничество, что добавляет сложности в их совместную работу. Каждому из участников предстоит проявить свои навыки и способности, чтобы справиться с общим врагом и защитить государственные интересы.
На фоне этих событий развиваются личные отношения между персонажами, что добавляет глубины и эмоциональной нагрузки происходящему. Кусанаги, как лидер, должна научиться не только управлять командой, но и находить общий язык с коллегами, которые имеют свои собственные взгляды на ситуацию. В итоге, все они оказываются втянутыми в сложную игру, где каждое решение может иметь серьезные последствия для их будущего и безопасности страны.