В фильме «Ведьма Лапласа» разворачивается загадочная история, когда двое, казалось бы, не связанных между собой людей, оказываются мертвыми в результате отравления сероводородом. Профессор геологии Сюнсукэ Аои, приглашённый для анализа ситуации, считает, что это просто несчастные случаи, вероятность которых крайне мала. Однако детектив из Токио начинает подозревать, что между жертвами существует связь, и его терзают вопросы о том, как могли быть совершены эти убийства, если они имели место.
В ходе расследования профессор сталкивается с Мадокой, старшеклассницей, обладающей необычными способностями. Эта встреча становится поворотным моментом, так как Мадока оказывается в опасности и вынуждена скрываться от агентов правительства, которые хотят использовать её таланты в своих целях. Ситуация накаляется, и детективу предстоит разгадать не только тайну убийств, но и понять, что скрывает Мадока.
Между тем, профессор и детектив начинают совместное расследование, которое приводит их к неожиданным открытиям. Они погружаются в мир, полный мистики и опасности, где каждое новое доказательство открывает новые горизонты. Взаимодействие между персонажами становится всё более напряжённым, и вскоре они понимают, что их судьбы переплетены в этой запутанной истории, где на кону стоят жизни и свобода.
