Действие фильма разворачивается в 2015 году в Токио-3, городе, который стал последним оплотом человечества после катастрофы, произошедшей 15 лет назад. В результате Второго удара, Антарктида растаяла, и мир погрузился в хаос, унеся жизни большинства людей. Теперь Землю атакуют Ангелы — таинственные существа, и единственным средством защиты от них являются гигантские биотехнологические роботы, известные как Евангелионы.
Главный герой, 14-летний Синдзи Икари, направляется на встречу с отцом, который возглавляет организацию NERV, занимающуюся борьбой с Ангелами. Однако, когда он прибывает в Токио-3, город подвергается внезапному нападению одного из этих существ. Вместе с капитаном Мисато Кацураги Синдзи добирается до подземного штаба NERV. В этот момент он испытывает сильные негативные чувства к своему отцу и хочет высказать ему, как сильно его ненавидит.
Но вскоре ему становится известно, что он должен немедленно сесть в Евангелион и вступить в бой с Ангелом. Это неожиданное и пугающее развитие событий ставит перед ним выбор: преодолеть свои страхи и принять участие в борьбе за выживание человечества или отступить и оставить мир в опасности. Синдзи сталкивается не только с внешними угрозами, но и с внутренними демонами, что делает его путь к самоопределению и принятию себя сложным и многогранным.
