В 2015 году, на фоне разрушенного мира после Второго удара, Токио-3 становится ареной борьбы за выживание. Пятнадцать лет назад катастрофа привела к таянию Антарктиды и массовой гибели человечества. Теперь планета сталкивается с угрозой со стороны Ангелов — таинственных существ, которые могут быть остановлены лишь с помощью гигантских биотехнологических роботов, известными как «Евангелион».
Главный герой, 14-летний Синдзи Икари, направляется к своему отцу, который возглавляет организацию NERV, занимающуюся защитой от Ангелов. Однако, когда он прибывает в Токио-3, город подвергается нападению одного из этих существ. В хаосе и панике ему удается встретиться с капитаном Мисато Кацураги, и вместе они добираются до подземной базы NERV.
Синдзи испытывает глубокие чувства к своему отцу, но вместо желаемого общения его ждет шокирующее открытие: ему необходимо сесть за управление одним из Евангелионов и вступить в бой с Ангелом, чтобы защитить человечество. Это решение становится для него не только испытанием, но и возможностью разобраться в собственных эмоциях и отношениях с отцом, которые были полны недопонимания и ненависти. Синдзи сталкивается с внутренними конфликтами, страхами и обязанностями, которые ставят его перед непростым выбором — стать героем или оставить всё как есть.
